由于古巴独立战争的进行，美国和西班牙之间的关系恶化，年2月15日，美国战舰缅因号在神秘的情况下在哈瓦那港口爆炸并沉没，造成人失踪，随着美国和西班牙之间的战争迫在眉睫，美国亚洲中队指挥官乔治·杜威准将与埃米利奥·阿吉纳尔多流亡新加坡和香港*府进行了讨论。
年4月25日，美国向西班牙宣战，海*部长西奥多·罗斯福命令杜威袭击菲律宾的西班牙舰队，马尼拉湾战役是西班牙和美国战争的第一次敌对交战。在黎明前的黑暗中，海*准将的船只在马尼拉湾入口处的科雷吉多尔岛的围攻枪下经过，并于年5月1日中午摧毁了西班牙舰队。
阿吉纳尔多于年5月19日返回菲律宾，并恢复了他的反叛部队的指挥权。菲律宾叛乱分子击溃了各省的士气低落的西班牙*队并围攻马尼拉，从他在Cavite的房子的阳台上，EmilioAguinaldo于年6月12日宣布了菲律宾的独立。
无论杜威和阿吉纳尔多在战前可能在香港达成何种理解，他们都无法理解地缘*治力量的全部作用。到5月下旬新任命的杜威海*上将已经接受了与Aguinaldo及其独立事业的距离。
宣布的美国战争目标是古巴独立于西班牙。这很快就完成了，美国*队于6月23日降落在古巴，随着7月16日圣地亚哥投降，西班牙两天后通过法国驻华盛顿大使起诉和平，古巴剧院的活动在不到一个月的时间内结束。
美国没有表示有兴趣接管西班牙殖民帝国的残余分子，关于杜威胜利的消息，战舰开始从英国，法国，日本和德国抵达马尼拉湾。这艘由八艘战舰组成的德国舰队特别具有侵略性和威胁性，所有这些皇权最近都获得了中国对海*基地和指定商业领域的让步，美国的利益有理由担心，将菲律宾置于帝国主义的设计之下可能会使美国完全脱离亚太贸易。
截至7月底，已有12,名美国*队从旧金山抵达，西班牙总督弗明·乔德内斯（FerminJaudenes）通过安排的抵抗运动谈判投降了马尼拉，这种抵抗保留了西班牙人的荣誉感并排除了阿吉纳尔多的菲律宾人，美国人于年8月13日占领了马尼拉。
显而易见，美国并不打算承认菲律宾的独立，阿吉纳尔多9月份将他的首都从卡维特迁移到了布拉干的更具防御性的马拉洛斯。同月，美国和西班牙开始在巴黎进行和平谈判。
巴黎条约于年12月10日签署，根据该条约，古巴获得独立，西班牙将菲律宾，关岛和波多黎各割让给美国，总金额为2万美元，由于失去了收购菲律宾殖民地机会的失望，德国在巴黎谈判期间施加了外交压力，以阻止美国对卡罗琳群岛的要求。西班牙随后将卡罗琳和马里亚纳群岛（少关岛）卖给了德国。
“巴黎条约”在菲律宾并未受到好评，菲律宾民族主义者对皇权的嚣张气焰感到愤怒，他们以2万美元的整齐价格讨价还价，而不是假装与菲律宾人协商。
鉴于其自身的殖民革命历史，美国人的观点令人不安，并且在拥有殖民地依赖性的道德原则上存在分歧，美国几乎意外地收购了菲律宾，因此不确定该怎么办，年1月20日，麦金莱总统任命第一菲律宾委员会（Schurman委员会）提出建议，Aguinaldo不需要建议来决定他会做什么，年1月23日，他宣布了马拉洛斯宪法和第一个菲律宾共和国。
菲律宾独立战争中的敌对行动于年2月4日开始，持续了两年。美国需要,名士兵来制服菲律宾。这场战争夺去了4,名美国人和16,名菲律宾人的生命。正如游击战中经常发生的那样，平民遭受的打击最严重。多达20万平民可能因饥荒和疾病而死亡。
和以前一样，菲律宾叛乱分子在该领域表现不佳。阿吉纳尔多及其*府于年3月31日逃离了捕获马拉洛斯并被赶入吕宋岛北部。5月，当美国指挥官EwellOtis将*要求无条件投降时，Aguinaldo内阁成员的和平探员失败了。
阿吉纳尔多于11月解散了他的正规部队，并开始了主要集中在吕宋岛中部塔加路族地区的游击战，Aguinaldo于年3月23日被捕。在马尼拉，他被说服宣誓效忠美国，并呼吁他的士兵放下武器，美国于年7月4日宣布结束*事统治，零星的抵抗一直持续到年。这些事件被菲律宾警察镇压。