胡亚雷斯执行宪法规定的条文之一，墨西哥从此开始实行户籍登记
年5月19日，叛*将领米格尔·米拉蒙纠集大队人马，包括步兵、骑兵及几支炮兵，亲临维拉克鲁斯城下，要与共和国*府*作战。古铁雷斯·萨莫拉急忙布置城防，火速下令圣胡安德乌鲁阿要塞开炮轰击，使米拉蒙的部队遭到极大伤亡，*府*随即端起刺刀冲锋，把叛*打得四处逃窜。
当时，由于胡亚雷斯*府驻华盛顿外交代表们的努力，美国*府承认了墨西哥共和国的合法*府。米拉蒙及其一伙恼怒万分。为了抵消美国的外交承认在他们的拥护者心里所产生的影响，米拉蒙决定再次攻打维拉克鲁斯。叛*还从古巴购得一支小舰队，由马林将*指挥，协助攻城。三条船分别叫作“哈瓦那侯爵”、“米拉蒙将*”及“孔塞普西翁”。维拉克鲁斯人用下面这支歌瑶来迎接这个舰队：“两把吉他一把琴，三条破船来攻城。”这次进攻和上次一样遭到惨败。古铁雷斯·萨莫拉和伊格莱西亚斯将*率领的*府*击溃了叛*。
墨西哥共和国的国土上烽火遍地，整个国家变成了内战的战场。忠于共和国的*队英勇打击叛*，使叛*连吃了几个大败仗。在墨西哥南部与叛*作战的贡萨雷斯·奥尔特加始终保持着主动权，与此同时，德戈利亚多将*又于年12月14日在瓜达拉哈拉击溃了米格尔·米拉蒙将*的部队。反胡亚雷斯分子大为惊慌，内部纷争四起。结果，叛乱者的宠儿——年仅二十七岁的米拉蒙将*一被推选为保守*的首领，接着，那些反对胡亚雷斯合法*府的集团又根据所谓的圣诞节计划，宣布米拉蒙为共和国总统。可是永拉蒙被任命为总统之后不久，就辞去了总统职务——也许是怕遭到挫折，或者是自知不能胜任如此重要的职务，他指定他的同僚费利克斯·苏洛亚加将*为继任者，但后者认为自己受人轻视而不愿出任总统。
在维拉克鲁斯城，贝尼托又添了一个女儿。这个小女孩的诞生变成了一个重要的事件，因为这个起名赫洛尼玛的婴儿是在户籍登记上注册的第一个人。贝尼托·胡亚雷斯就这样以其女儿为例，执行了宪法规定的条文之一，墨西哥从此开始实行“户籍登记”。在年宪法生效之前，出生登记一直是由教会掌管的。
户籍登记触犯了上层教士，他们因而更加起劲地煽动反对宪法的活动。米却肯州的主教堂克莱门特·德·赫苏斯·蒙吉亚宣称：“真理将比一切宪法更为持久，正义迟早总会取胜。”在这位主教大人看来，代表真理和正义的是米拉蒙和苏洛亚加。
国内既已滋长仇恨，这场同胞之间的斗争自然是异常激烈，持久、残忍的。自由派希望共和国的宪法得到巩固，而保守派却渴望以独裁的君主*体来解决冲突，使之重建国家秩序，恢复等级森严的教会统治及*府权威。年宪法正式批准时，罗马教皇以其《关达古拉通谕》及《谬说提纲》为依据，函谕墨西哥诸主教。庇护九世在信函中说，如果教会得不到尊重，人民就会上当受骗而危及和平；侵犯教会的神圣特权便是亵渎神明，因为很多美德都来自教会与仁爱。不承认教会有权掌管婚姻及儿童教育，怀疑教会有权控制报刊和公开演出，干涉教会的事务，无视或反对教皇，凡此种种，都是否定上帝的存在。教会高于国家，国家永远不能对教会的举动表示异议，更不能触及教会财产。
《谬说提纲》谴责了很多事情，包括法国大革命的原则，世俗教育，世俗婚姻等等。它提出要建立一个以罗马天主教为基础的完美的社会与那些谬说相对抗。
墨西哥的教士对梵蒂冈的来函作了一番自己的解释，于是教徒们纷纷起来反对改革法，反对年宪法及胡亚雷斯的二十八个主要宣言，反对自由派*府，阻挠联邦*府及各州*府的征税工作，青年们则逃离共和国*队。这样便形成了两支*队：保守派将*们组织和指挥的*队及胡亚雷斯派的*队，后者由自由派的领袖、*官、年轻将官所组成。不少骄横的外国人为了要坐收渔利而从旁挑动，这样，仇恨和激愤与日俱増，终于导致了两次残酷的内战，即所谓的改革战争和外国干涉引起的战争。外国干涉的结果是:一个奥地利大公当上了墨西哥的皇帝。