同年、西班牙人的殖民基地巴拿马城建成，它位于大平洋岸边的巴拿马地峡，一条纵贯巴拿马地峡的道路同时开通。此后，西班牙就以巴拿马为基地，开始大张旗鼓地向南美大陆扩张。皮萨罗就是在这场冒险中出人头地的。
皮萨罗曾随同太平洋的发现者巴尔沃亚，经历了穿越巴拿马地峡、到达太平洋沿岸的航行，成为第一批亲眼看到“南海”景象的欧洲人中的一员。在此经历中，他已从当地印第安人口中听说了印加帝国的富饶情形。
年，另一个西班牙人安达戈亚曾航行到哥伦比亚沿海一带，带回了关于中美洲的丰富传说。墨西哥征服者科尔特斯的成就激发了皮萨罗的雄心，年届半百的他对隐蔽在科迪耶拉山脉之中的黄金之国向往不已。此后，皮萨罗遇到了两个志同道合者，一是与皮萨罗身世相近的另一名冒险军人阿尔马格罗，一是巴拿马副主教卢克。
此三人共同筹划南进大计，皮萨罗和阿尔马格罗领兵前行，所需经费主要由卢克提供。年11月，在巴拿马总督佩德里亚斯的准许下，皮萨罗一行多人从巴拿马出发。航行了两个多月后，他们到达了如今哥伦比亚的圣胡安。由于选取了最不利于航行季节，首次远征中，饥饿和风雨令皮萨罗失去了20多个士兵。
最终他们遭遇了好战部落，5人战死，皮萨罗与另外17人受伤，仓皇逃回巴拿马。两年之后，他们又纠集了名西班牙士兵出发。此行到达印加帝国边缘地带的基多等地，见闻颇丰，但征途的艰难及伤亡的恐惧使沮丧情绪在远征队伍中扩散。在遭遇一支强大的印第安军队之时，皮萨罗留下驻守，阿尔马格罗回去求援。